香港鐵路有限公司（港鐵公司）旗下多個港鐵站、輕鐵站和大型商場位於屯門警區，故此屯門警區一直與港鐵公司保持緊密的夥伴關係，以加強雙方於港鐵鐵路網絡處理突發事故的應變能力及預防罪案的協作。

二〇二〇年十二月十五日，屯門警區在新界北總區衝鋒隊的協助下，聯同消防處和港鐵公司在區內輕鐵車廠舉行聯合演習，加強彼此溝通及處理突發事故的應變能力。演習模擬一名懷疑精神紊亂人士於一輛行駛中的輕鐵列車中引爆一個卡式石油氣罐，導致多人受傷。各部門人員透過溝通和協調成功拯救傷者，警隊人員亦迅速進行掃蕩並拘捕疑犯。

二〇二一年一月五日，屯門警區邀請了港鐵公司企業保安主管與車務經理（輕鐵及巴士）會面，交流防止罪案的經驗。雙方討論了近期港鐵鐵路網絡和商場的罪案和相關防罪措施，例如如何加強保安以防止惡意入侵及破壞，亦商討了未來的合作計劃，包括設立直接溝通渠道以加強情報交流，並安排屯門警區人員向港鐵公司員工作經驗分享。