水警总区近年致力应用无人机系统，在雷达及警力未能完全覆盖的偏僻岛屿和海面范围，水警总区尝试运用无人机协助搜索及救援工作。此外，无人机亦能应用于日常警务工作，并在重大事故中支援指挥及控制工作。

水警总区的无人机配备热能探测及遥距广播等功能，人员能藉此探测丛林中发出热能的目标或在搜索范围内广播资讯，提高搜索及救援工作的效率。

水警总区是警队发展无人机小队的先驱，小队现时共有三十一位队员。每位队员都经过严格的遴选和训练，以确保他们能安全及准确操控无人机，应付不同飞行任务。此外，小队根据民航处及律政司等部门的指引制定无人机的标准操作程序及行动手册。水警总区无人机小队亦协助陆上警区执行飞行任务，更为其他总区训练及建立无人机小队。

二〇二〇年一月，水警总区无人机小队执行了一次难忘的飞行任务。队员奉召紧急出勤到南丫岛搜索一名失踪的八十岁婆婆。行动中，小队有效利用无人机的机动性，在短时间内进行大范围搜索，提升行动效率。

当日参与行动的队员忆述︰「无人机能够填补政府飞行服务队直升机未能进入的空域，在较接近地面的高度进行空中搜索。使用无人机搜索亦能减轻地面搜救人员的负担，以较短的时间搜索更大的范围，提升效率。当日，无人机小队成员一直与该区市民保持紧密联系、互相配合，除了体现出警队应用适当科技以应付警政需求外，亦能提高市民对警队的信心。」

水警总区无人机小队已累积超过一千小时的飞行时数。最近，小队制定了一套可靠、有系统和划一的无人机操作员基础训练课程，期望能推广到警队其他部门，以善用科技满足不同的警政需求。