水警總區近年致力應用無人機系統，在雷達及警力未能完全覆蓋的偏僻島嶼和海面範圍，水警總區嘗試運用無人機協助搜索及救援工作。此外，無人機亦能應用於日常警務工作，並在重大事故中支援指揮及控制工作。

水警總區的無人機配備熱能探測及遙距廣播等功能，人員能藉此探測叢林中發出熱能的目標或在搜索範圍內廣播資訊，提高搜索及救援工作的效率。

水警總區是警隊發展無人機小隊的先驅，小隊現時共有三十一位隊員。每位隊員都經過嚴格的遴選和訓練，以確保他們能安全及準確操控無人機，應付不同飛行任務。此外，小隊根據民航處及律政司等部門的指引制定無人機的標準操作程序及行動手冊。水警總區無人機小隊亦協助陸上警區執行飛行任務，更為其他總區訓練及建立無人機小隊。

二〇二〇年一月，水警總區無人機小隊執行了一次難忘的飛行任務。隊員奉召緊急出勤到南丫島搜索一名失蹤的八十歲婆婆。行動中，小隊有效利用無人機的機動性，在短時間內進行大範圍搜索，提升行動效率。

當日參與行動的隊員憶述︰「無人機能夠填補政府飛行服務隊直升機未能進入的空域，在較接近地面的高度進行空中搜索。使用無人機搜索亦能減輕地面搜救人員的負擔，以較短的時間搜索更大的範圍，提升效率。當日，無人機小隊成員一直與該區市民保持緊密聯繫、互相配合，除了體現出警隊應用適當科技以應付警政需求外，亦能提高市民對警隊的信心。」

水警總區無人機小隊已累積超過一千小時的飛行時數。最近，小隊制定了一套可靠、有系統和劃一的無人機操作員基礎訓練課程，期望能推廣到警隊其他部門，以善用科技滿足不同的警政需求。