行動科由一名高級警司指揮,轄下有三個分區,即行動分區、小艇分區及水警總區刑事部。
由一名警司指揮,轄下有:
小艇分區由一名警司指揮,是水警總部的行動單位,負責協助各水警分區執行日常的行動及迅速處理突發事故 ,包括搜索、救援及根據國際船舶及港口設施保安規則而執行的初步反恐行動。
水警總區刑事部由一名警司指揮,是水警總區的調查單位,負責調查總區內的嚴重及複雜案件,包括集團式非法入境及嚴重海上事故,並部署及執行情報主導的行動以防止及偵查罪案。此外,水警總區刑事部人員亦會向水上及離島居民,及國際船舶及港口設施保安規則下的機構提供防止罪案的專業意見。