行動科由一名高級警司指揮，轄下有三個分區，即行動分區、小艇分區及水警總區刑事部。
行動分區
由一名警司指揮，轄下有：
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總區指揮及控制中心
水警總區指揮及控制中心
水警總區指揮及控制中心控制台人員
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水警後勤組
水警後勤組船隊
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水警運輸組
水警運輸組 -
總區槍房
總區總部槍械儲存庫
小艇分區
示範截擊高速快艇的戰術
多重任務截擊艇
小艇分區由一名警司指揮，是水警總部的行動單位，負責協助各水警分區執行日常的行動及迅速處理突發事故 ，包括搜索、救援及根據國際船舶及港口設施保安規則而執行的初步反恐行動。
水警總區刑事部
嚴重海上事故
非法入境者
水警總區刑事部由一名警司指揮，是水警總區的調查單位，負責調查總區內的嚴重及複雜案件，包括集團式非法入境及嚴重海上事故，並部署及執行情報主導的行動以防止及偵查罪案。此外，水警總區刑事部人員亦會向水上及離島居民，及國際船舶及港口設施保安規則下的機構提供防止罪案的專業意見。