水警總區經歷了不同階段的成長、重組和挑戰，正與我們香港經歷的不同階段互相輝映。點選以下連結，即可瀏覽不同年代水警總區的舊聞及『大事年表』 。
首次擴展 (1846)
第一艘炮艇帆船在一八四六年投入服務，編制有十七名船員，主要執行反海盜任務。在一八四八年的一場颱風中，不幸地全數船員殉職。 水警於一八四七年擴展至大約四十人並獲得多兩艘船。每支小隊有六名警員，船上每名船員均配備手槍與及短彎刀 。
第二次擴展 (1860)
當一八六零年取得九龍後 ，標誌著港口水域面積近乎倍增，水警人員的數目亦擴充至大約一百三十名成員 ，船艇數目也隨著增加 ，人員以划艇方式來執行巡邏職務。在一八六八年採用一艘大帆船作反海盜巡邏之用。在一八七零至一八七二年間，一艘蒸氣炮艇加入服務行列。自一八六八年，水警除了執行警務工作外，同時也代表「船頭官」履行其執行港口職務。
第三次擴展及重組 (1872)
在一八七二年成立了「警察委員會」之後，水警編制人員亦擴充至超過一百五十人 ，這編制數目維持至差不多該世紀末。
蒸氣船於一八七八年再次服役。在一八九四年，警隊首次始使用蒸氣小艇在港口作二十四小時巡邏 。引入蒸氣船艇後，過半數警員被調回陸上警區或遭解僱。首名全職的大偈在一八九零年末正式編入編制內。
一八八四年九月，新的水警警署在尖沙咀(現址為一八八一)落成。
第四次擴展及重組 (1900-1941)
自一八九九年開始租用新界後水域的幅度大增，令到需要維持治安的範圍大幅增加，水警之組織與及編制需要徹底改變 。
一九零零至一九四一年間，水警的人手編制從一百九十六增至三百二十三人 。水警又將階級劃分與及重組以配合操縱新服役的大型船舶。 水警在一九二六年引入了無線電報，大大改善通訊問題。當時，水警全力應付海盜問題，因海盜襲擊駐守離島的警員，例如發生於一九一二年在長洲的海盜襲警事件。
一九四一年十二月，香港淪陷，為了避免落入日軍手中，大量船舶逃離香港。日軍佔領香港期間，以尖沙咀水警總部作為日本海軍總部。
第五次擴展及重組 (1948)
第二次世界大戰後，整個警隊徹底重組 ，此舉對水警有重大影響。首先，英文名稱從「Water Police」改為「Marine Police」。
第二是正式成立了水警刑事偵緝部 ；第三是西貢半島與所屬諸島，大嶼山，長洲與及香港西面諸島均由陸警轉為水警管轄 。
水警成為「九龍及新界指揮」下的分區 ，由一名警司統領。一九五二年期間 ，水警編制達到四百名人員而在其後十年間增至五百人 。
第六次擴展 (1964-1979)
在一九六零年受到「戴麟趾報告」和「希素美行動」（為應付一九六二年大量湧入的非法入境者的Operation Hazelmere）的影響 ，水警再擴展與重組而成為跟香港島，九龍與及新界區一般有同等地位的一個「警區」，水警總區由一名助理警務處長指揮 。西貢半島的警政則轉交陸警，由九龍指揮部負責 。
在「希素美行動」期間和期後，水警以借用或調配方式從其他部門取得更多船舶，數目增至超過100艘。直至一九七九，水警編制隨著新購置及更換的船艇增加至超過一千六百人。水警又沿海岸線設立一連串的行動基地，指揮系統更劃分為兩分區：「港口及離島分區」和「水域及基地分區」。此外，小艇隊於一九七九年成立，接管之前由英國皇家海軍擔任的海上職務。
政府於一九七四年實施「抵壘政策」，打擊大量從中國湧入的非法入境者。此政策本來只准許進入邊界並成功前往市區到入境處登記的非法入境者居留，抵達市區前被截獲的非法入境者則須即時遣返。時至一九八零年，政策並沒帶來明顯的阻嚇作用，香港政府因而於一九八零年十月通過入境(修訂)(2號)條例廢除此政策。
第七次擴展及新挑戰的湧現 (1980-2000)
一九七八至一九八零年間嚴重的非法入境問題促成了這次擴展，並且是首個全盤設計一個應付十年所需的計劃去進行擴充及替換船艇計劃。
除了大幅增加及更換船艇數目外，我們的指揮架構亦徹底重組，與此同時，更計劃建設新型及自給自足的行動基地，在1986年香港仔水警基地是首個投入服務的水警基地。「行政及支援組」於一九八一年成立，協助監督擴展並確保擴展適合總區的海事專業要求，使其有效地執行水警行動性職務。
水警的行動概念是以「鋼環式」伸展環繞核心，水警部署裝置有雷達的巡邏船，用雷達覆蓋沿海邊界，有如聯鎖環般緊密相扣，從而確保邊界的完整性。為此，三款新型號的警輪投入服務，包括達汶一型、二型及三型。
直到一九九零年初，船舶設計及引擎技術的躍進，亦代表著水警總區面對各種不同的挑戰。越來越多非法活動，如非法入境及走私，涉及使用更小型及速度更高的船艇。當時，走私集團棄用小型休閑快艇，轉而利用裝有多部大馬力舷外機的走私艇。這些走私艇能夠運載大量的走私貨品甲可達一輛私家車的體積。這些走私艇艇稱為「大飛」。
為了解決「大飛」的問題，警隊於1992年成立反走私特遣隊，警隊、海關及皇家海軍更加緊密合作。在1996年，小艇隊和反走私特遣隊合併為小艇分區。水警總區奮力在遏止使用大馬力船艇走私的問題上，促使通過新法例，該新法例限制裝置在船艇的舷外機數目和混合功率（香港法例進出口條例第60章第14A條）。
水警於一九九三年成立了兩個警區，分別是包括水警南分區、水警西分區和水警港口分區的水警西區水域警區，以及包括水警東分區和水警北分區的水警東區水域警區。當時，水警總區指揮架構跟陸上警區相似，編制人員增加至近乎三千人（包括文職職位）
在一九九七年主權回歸中國後，香港特別行政區推行「一國兩制」，香港特別行政區維持自由港及獨立關稅地區的地位。這意味着走私問題仍然存在。
海上警視系統 (2000-2010)
在二零零零年期間，水警總區所面對的執法環境是罪犯肆意利用更小型及更快速的船艇作非法活動工具。水警總區因而需要檢討及重新考慮行動方針，以替代已過時應對六十及七十年代環境的策略，總區須以小型快速船艇取替大量大型警輪執行職務。為配合與『國際船舶及港口設施保安規則』有關而實施的首要行動項目，水警總區構思出「海上警視系統」的概念。
海上警視系統包括使用「中央指揮系統」，利用陸上及海上雷達系統，配備遙控操作日夜兩用攝影機、海上行動平台和更細更快速的船艇，讓水警人員在香港水域內更有效地執行職務，並鞏固邊界完整。引入海上警視系統需大型策劃及發展，以一系列前線行動平台、中型巡邏警輪及分區快速巡邏小艇取代達汶I、II及III型巡邏艇，輔以地面雷達系統及日夜兩用攝影機，整個系統於二零一零年啟動。
繼海上警視系統之後 (2010 – 2020)
引入「海上警視系統」，證明對提升總區在香港水域有效執法的能力起關鍵作用。新系統帶動總區邁入新科技時代，並藉著掌握科技發展機遇及建基於所得成果，為前線人員提供先進設備以協助他們應對層出不窮的海上執法挑戰。其中一項例子是研發中的「海上形勢實時傳達系統」，讓警輪與指揮中心能夠互享實時形勢資訊。
在2012年10月1日發生的南丫海難中，渡輪南丫四號與海泰號在南丫島對開相撞，導致39人死亡。事件突顯水警總區須要奉召處理的海上事故之規模和複雜程度。
在2015年的「佔領中環運動」中，水警第二梯隊內部保安大隊奉派到岸上支援陸上單位執行任務，這只是該梯隊及水警其他單位將要面對的各種挑戰的序幕。在2019及2020年因修訂《逃犯條例》而引發並蔓延全港的暴力騷亂中，警隊策動「踏浪者行動」止暴制亂，期間水警總區除照常執行香港水域及離島的看守及巡邏職務外，亦派員到岸上協助行動。
在2020年，總區接收了八艘多重任務截擊艇供小艇分區使用，是迄今最大規模的船隊更換計劃的首批接收船隻。有關更換計劃涉及汰換及購置65艘獨立運作巡邏艇和59艘小型支援艇。