行动科由一名高级警司指挥,辖下有三个分区,即行动分区、小艇分区及水警总区刑事部。
由一名警司指挥,辖下有:
小艇分区由一名警司指挥,是水警总部的行动单位,负责协助各水警分区执行日常的行动及迅速处理突发事故 ,包括搜索、救援及根据国际船舶及港口设施保安规则而执行的初步反恐行动。
水警总区刑事部由一名警司指挥,是水警总区的调查单位,负责调查总区内的严重及复杂案件,包括集团式非法入境及严重海上事故,并部署及执行情报主导的行动以防止及侦查罪案。此外,水警总区刑事部人员亦会向水上及离岛居民,及国际船舶及港口设施保安规则下的机构提供防止罪案的专业意见。