水警总区经历了不同阶段的成长、重组和挑战，正与我们香港经历的不同阶段互相辉映。点选以下连结，即可浏览不同年代水警总区的旧闻及『大事年表』 。
首次扩展 (1846)
第一艘炮艇帆船在一八四六年投入服务，编制有十七名船员，主要执行反海盗任务。在一八四八年的一场台风中，不幸地全数船员殉职。 水警於一八四七年扩展至大约四十人并获得多两艘船。每支小队有六名警员，船上每名船员均配备手枪与及短弯刀 。
第二次扩展 (1860)
当一八六零年取得九龙後 ，标志着港口水域面积近乎倍增，水警人员的数目亦扩充至大约一百三十名成员 ，船艇数目也随着增加 ，人员以划艇方式来执行巡逻职务。在一八六八年采用一艘大帆船作反海盗巡逻之用。在一八七零至一八七二年间，一艘蒸气炮艇加入服务行列。自一八六八年，水警除了执行警务工作外，同时也代表「船头官」履行其执行港口职务。
第三次扩展及重组 (1872)
在一八七二年成立了「警察委员会」之後，水警编制人员亦扩充至超过一百五十人 ，这编制数目维持至差不多该世纪末。
蒸气船於一八七八年再次服役。在一八九四年，警队首次始使用蒸气小艇在港口作二十四小时巡逻 。引入蒸气船艇後，过半数警员被调回陆上警区或遭解雇。首名全职的大偈在一八九零年末正式编入编制内。
一八八四年九月，新的水警警署在尖沙咀(现址为一八八一)落成。
第四次扩展及重组 (1900-1941)
自一八九九年开始租用新界後水域的幅度大增，令到需要维持治安的范围大幅增加，水警之组织与及编制需要彻底改变 。
一九零零至一九四一年间，水警的人手编制从一百九十六增至三百二十三人 。水警又将阶级划分与及重组以配合操纵新服役的大型船舶。 水警在一九二六年引入了无线电报，大大改善通讯问题。当时，水警全力应付海盗问题，因海盗袭击驻守离岛的警员，例如发生於一九一二年在长洲的海盗袭警事件。
一九四一年十二月，香港沦陷，为了避免落入日军手中，大量船舶逃离香港。日军占领香港期间，以尖沙咀水警总部作为日本海军总部。
第五次扩展及重组 (1948)
第二次世界大战後，整个警队彻底重组 ，此举对水警有重大影响。首先，英文名称从「Water Police」改为「Marine Police」。
第二是正式成立了水警刑事侦缉部 ；第三是西贡半岛与所属诸岛，大屿山，长洲与及香港西面诸岛均由陆警转为水警管辖 。
水警成为「九龙及新界指挥」下的分区 ，由一名警司统领。一九五二年期间 ，水警编制达到四百名人员而在其後十年间增至五百人 。
第六次扩展 (1964-1979)
在一九六零年受到「戴麟趾报告」和「希素美行动」（为应付一九六二年大量涌入的非法入境者的Operation Hazelmere）的影响 ，水警再扩展与重组而成为跟香港岛，九龙与及新界区一般有同等地位的一个「警区」，水警总区由一名助理警务处长指挥 。西贡半岛的警政则转交陆警，由九龙指挥部负责 。
在「希素美行动」期间和期後，水警以借用或调配方式从其他部门取得更多船舶，数目增至超过100艘。直至一九七九，水警编制随着新购置及更换的船艇增加至超过一千六百人。水警又沿海岸线设立一连串的行动基地，指挥系统更划分为两分区：「港口及离岛分区」和「水域及基地分区」。此外，小艇队於一九七九年成立，接管之前由英国皇家海军担任的海上职务。
政府於一九七四年实施「抵垒政策」，打击大量从中国涌入的非法入境者。此政策本来只准许进入边界并成功前往市区到入境处登记的非法入境者居留，抵达市区前被截获的非法入境者则须即时遣返。时至一九八零年，政策并没带来明显的阻吓作用，香港政府因而於一九八零年十月通过入境(修订)(2号)条例废除此政策。
第七次扩展及新挑战的涌现 (1980-2000)
一九七八至一九八零年间严重的非法入境问题促成了这次扩展，并且是首个全盘设计一个应付十年所需的计划去进行扩充及替换船艇计划。
除了大幅增加及更换船艇数目外，我们的指挥架构亦彻底重组，与此同时，更计划建设新型及自给自足的行动基地，在1986年香港仔水警基地是首个投入服务的水警基地。「行政及支援组」於一九八一年成立，协助监督扩展并确保扩展适合总区的海事专业要求，使其有效地执行水警行动性职务。
水警的行动概念是以「钢环式」伸展环绕核心，水警部署装置有雷达的巡逻船，用雷达覆盖沿海边界，有如联锁环般紧密相扣，从而确保边界的完整性。为此，三款新型号的警轮投入服务，包括达汶一型、二型及三型。
直到一九九零年初，船舶设计及引擎技术的跃进，亦代表着水警总区面对各种不同的挑战。越来越多非法活动，如非法入境及走私，涉及使用更小型及速度更高的船艇。当时，走私集团弃用小型休闲快艇，转而利用装有多部大马力舷外机的走私艇。这些走私艇能够运载大量的走私货品甲可达一辆私家车的体积。这些走私艇艇称为「大飞」。
为了解决「大飞」的问题，警队於1992年成立反走私特遣队，警队、海关及皇家海军更加紧密合作。在1996年，小艇队和反走私特遣队合并为小艇分区。水警总区奋力在遏止使用大马力船艇走私的问题上，促使通过新法例，该新法例限制装置在船艇的舷外机数目和混合功率（香港法例进出口条例第60章第14A条）。
水警於一九九三年成立了两个警区，分别是包括水警南分区、水警西分区和水警港口分区的水警西区水域警区，以及包括水警东分区和水警北分区的水警东区水域警区。当时，水警总区指挥架构跟陆上警区相似，编制人员增加至近乎三千人（包括文职职位）
在一九九七年主权回归中国後，香港特别行政区推行「一国两制」，香港特别行政区维持自由港及独立关税地区的地位。这意味着走私问题仍然存在。
海上警视系统 (2000-2010)
在二零零零年期间，水警总区所面对的执法环境是罪犯肆意利用更小型及更快速的船艇作非法活动工具。水警总区因而需要检讨及重新考虑行动方针，以替代已过时应对六十及七十年代环境的策略，总区须以小型快速船艇取替大量大型警轮执行职务。为配合与『国际船舶及港口设施保安规则』有关而实施的首要行动项目，水警总区构思出「海上警视系统」的概念。
海上警视系统包括使用「中央指挥系统」，利用陆上及海上雷达系统，配备遥控操作日夜两用摄影机、海上行动平台和更细更快速的船艇，让水警人员在香港水域内更有效地执行职务，并巩固边界完整。引入海上警视系统需大型策划及发展，以一系列前线行动平台、中型巡逻警轮及分区快速巡逻小艇取代达汶I、II及III型巡逻艇，辅以地面雷达系统及日夜两用摄影机，整个系统於二零一零年启动。
继海上警视系统之後 (2010 – 2020)
引入「海上警视系统」，证明对提升总区在香港水域有效执法的能力起关键作用。新系统带动总区迈入新科技时代，并藉着掌握科技发展机遇及建基於所得成果，为前线人员提供先进设备以协助他们应对层出不穷的海上执法挑战。其中一项例子是研发中的「海上形势实时传达系统」，让警轮与指挥中心能够互享实时形势资讯。
在2012年10月1日发生的南丫海难中，渡轮南丫四号与海泰号在南丫岛对开相撞，导致39人死亡。事件突显水警总区须要奉召处理的海上事故之规模和复杂程度。
在2015年的「占领中环运动」中，水警第二梯队内部保安大队奉派到岸上支援陆上单位执行任务，这只是该梯队及水警其他单位将要面对的各种挑战的序幕。在2019及2020年因修订《逃犯条例》而引发并蔓延全港的暴力骚乱中，警队策动「踏浪者行动」止暴制乱，期间水警总区除照常执行香港水域及离岛的看守及巡逻职务外，亦派员到岸上协助行动。
在2020年，总区接收了八艘多重任务截击艇供小艇分区使用，是迄今最大规模的船队更换计划的首批接收船只。有关更换计划涉及汰换及购置65艘独立运作巡逻艇和59艘小型支援艇。