2019冠狀病毒病的疫情為深水埗警區帶來史無前例的挑戰。在這段非常時期，深水埗警區的前線軍裝人員三度被衞生署列為密切接觸者，並須接受隔離。當中兩次人員被列為密切接觸者的原因是與日常必要的前線工作有關，包括在醫院內執行看守被拘留人士的職務及處理屍體發現案件，而須接受隔離的人員更多達二十四名。

深水埗警區管理層主動聆聽及了解受影響人員在接受隔離時的需要和關注，與人員保持緊密聯繫，送上慰問卡及物資，為人員及其家人提供適切支援。八月下旬及九月中旬，深水埗警區指揮官何啟軒在人員完成隔離後，親身到他們所屬的分區探訪，並表揚人員在疫情下仍然發揮專業精神，堅守崗位。人員亦感謝警區上下的關心及支持。